Guildas das Trevas (闇 ギ ル ド Yami Girudo) são alianças que não são oficialmente reconhecidas pelo Conselho de magia; portanto, elas são tratadas como organizações criminosas. Guildas das Trevas são normalmente inimigas as guildas legais vendo que eles respeitam as regras impostas pelo Conselho de magia. Sua crença é que as regras do Conselho só iriam limitar o potencial de alianças, como eles colocam muitas restrições.
Aliança Balam []
A Aliança Balam é composta pelas 3 mais fortes Guildas das Trevas,sendo a Grimoire Heart, a Tartaros e Oración Seis. Essas guildas podem se unir para negociações, formar estratégias. Porém essa unificação só serve como um pacto de não agressão entre elas.Não havendo contato entre as mesmas.
No ano de X784,as três estavam sobre o controle de todas as Guildas das Trevas,com exceção da Raven Tail. Já no ano de X792,com as três guildas dissolvidas,é oficialmente extinto tanto a aliança quanto as Guildas das Trevas.
As Três Guildas[]
Oración Seis[]
É uma das dirigentes da Aliança,tendo uma força extraordinária. Apesar de ter seis membros, possuía um número enorme de guildas das trevas em seu comando. Durante a saga aonde aparecem pela primeira vez, estes tentam tomar controle da magia Nirvana, que usariam para destruir o mundo. No fim de tudo, foram derrotados pela Força Aliada (formada pela Fairy Tail, Blue Pegasus, Lamia Scale e Cait Shelter),causando a prisão de todos os membros e a dissolução desta. No anime, diferente do mangá, eles aparecem em mais duas ocasiões: No arco "Chave para o Céu Estrelado",onde aparece totalmente reformulada e no arco "Tartaros" como membros da Crime Sorcière.
Grimoire Heart[]
Outra principal guilda das trevas,participante da Aliança e considerada a mais forte das três.A sua " sede ",onde se localiza o mestre e os membros principais,é um dirigível que sobrevoa a terra e os mares.Seu propósito principal era encontrar e renascer o grande mago lendário das trevas Zeref, e criar o chamado Mundo da Magia Absoluta, e o localiza em Tenroujima, justo quando os magos da Fairy Tail estão fazendo o exame de classificação de magos Classe-S no solo considerado sagrado para estes. Ocorre,então,um grande embate entre as duas guildas, sendo as fadas as vencedoras e dizimando a maior parte dos chamados "Sete Filhos do Purgatório".Quem realmente dá um fim a guilda de Hades é o próprio Zeref, culpando-o de tê-lo "voltado a escuridão" e que acendeu a fúria de Acnologia. Assim sendo, ele acaba por destruir o mestre e sua guilda restantes.
Tartaros[]
A última das guildas, sempre foi cercada de grandes mistérios,onde nem mesmo o Conselho sabia sua localização ou algo a respeito de sua formação de membros. Formada apenas por demônios do livro de Zeref, se intitulam "Os Nove Portões Demoníacos", que começam suas atividades matando os membros e ex-membros do Conselho, deixando tanto mortos quanto feridos no processo, no intuito de usar a aterrorizante arma criada pelo Conselho, chamada Face, para acabar com os usuários de magia de todo o continente. Depois da feroz e brutal batalha contra a Fairy Tail, a guilda é totalmente destruída e também é dissolvida. Depois desse acontecimento, não se sabe qual foi o fim dos membros restantes. É também depois da luta que se ocorre a dissolução da Fairy Tail.